Detyrat dhe përgjegjësitë e Zyrës së Protokolit dhe Arkivës janë: 1.1. Bën menaxhimin e dokumentacionit zyrtar që hyn e del në UHZ, duke u kujdesur për zbatimin e drejtë të dispozitave të sistemit të menaxhimit me shkresa, me anë të centralizimit të procesit të bazës së të dhënave; 1.2. Përcjellë, harmonizon dhe regjistron lëndët sipas zyrave, NA, dhe sistemon dokumentet në mënyrë elektronike për të gjitha zyrat e UHZ-së dhe sigurimin për qasje zyrtare nga personat e autorizuar, duke përcjellë dhe monitoruar afatet; 1.3. Ushtron kujdes për të ruajtur natyrën konfidenciale të të dhënave të caktuara dhe mbikëqyr në mënyrë të vazhdueshme bazën e të dhënave të Zyrës së Protokolit, për t’u siguruar se çdo shkresë hyrëse dhe dalëse është e regjistruar. 1.4. Zhvillimi i punës sipas politikave dhe procedurave të Njësisë së Arkivit, pranimi i dokumentacionit për arkivim duke përfshirë dokumentacionin parakulifikues, raportues, kontratave, skanimi i tyre dhe regjistrimi në bazën e të dhënave të arkivit, klasifikimi dhe arkivimi në depo; 1.5. Pranimi i dokumentacionit të prodhuar nga zyrat apo Njësitë Akademike të UHZ-së, skanimi i tyre dhe regjistrimi në bazën e të dhënave të arkivit, klasifikimi dhe arkivimi në depo dhe azhurnimi i dokumentacionit sipas kërkesës së njësive përkatëse; 1.6. Bashkëpunim me Agjencionin për Mbrojtjen e të Dhënave dhe me Agjencionin e Regjistrimit Civil.
Zyra e Protokolit dhe Arkivit udhëhiqet nga Drejtori i Zyrës së Protokolit, i cili i raporton Sekretarit të Përgjithshem
Me sistematizimin e vendeve të punës, Zyra e Protokolit dhe Arkivit përbëhet nga këto pozita: 3.1. Drejtori i Zyrës së Protokolit; 3.2. Zyrtar Dërgues; 3.3. Zyrtar Regjistrues; 3.4. Zyrtar i Arkivit; 3.5. Zyrtar Administrativ i Arkivit në njësi akademike.
Numri i të punësuarve në Zyrën Protokolit dhe Arkivit është pesë (5).